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Humbcolor
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos
Alexander von Humboldt Colombia

Programa de Evaluación y Monitoreo de la Biodiversidad

BLOG


BioModelos

  • Aviso: estamos en renovación

    Como parte de la implementación de la nueva estrategia de BioModelos (ver nuestro Boletín No. 3), estamos trabajando en varios cambios al diseño y funcionamiento de nuestro sitio web así como a nuestro flujo de trabajo. Mientras la nueva versión de BioModelos está en línea con nuevos modelos de distribución podrás colaborar a mejorar el conocimiento de la distribución de las especies de Colombia en esta nueva etapa:

    • Manifestando tu interés en colaborar al desarrollo de modelo de distribución de una o más especies escribiéndole (a través de la página) al moderador de tu(s) grupo. Tu contribución será reconocida en la citación del modelo resultante de esta colaboración y será incluida en una publicación con los aportes recibidos durante este año.

    • Realizando aportes a la calidad de los registros mediante la herramienta “reportar error” (ver FAQ) sobre las especies de tu interés.

    • Indicando el rango altitudinal y las coberturas terrestres de las especies de tu interés.

    • Manifestando tu interés en publicar modelos que hayas desarrollado para especies de Colombia en BioModelos aquí: http://bit.ly/25zPPmE.

  • Editorial

    Publicado por César Gutiérrez · Ago 2016

    El 2 diciembre de 2014 se realizó el lanzamiento de la primera versión de BioModelos. Con el reto claro de documentar la distribución de la biodiversidad del país, pero sin saber muy bien cómo hacerlo, asumimos la tarea de probar distintas metodologías de modelamiento y manejo de información, tecnologías de desarrollo, diseños y modelos operativos, con el fin de condensar nuestra visión: construir una red de expertos que con sus aportes contribuya a construir y mejorar el conocimiento sobre la distribución de las especies del país. En resumen: “mejores modelos con el apoyo de expertos”.

    Ahora, año y medio después, nos lanzamos a un nuevo reto: “una mejor herramienta con la ayuda de expertos”. Gracias a su realimentación sobre los distintos aspectos que componen BioModelos, nos disponemos a lanzar una nueva versión que esperamos refleje lo aprendido con ustedes en este tiempo.

    Reconstruida completamente, con cambios en su diseño, navegabilidad y funcionalidad, la nueva versión cuenta con un sistema mejorado de búsqueda, curación de registros y desarrollo colaborativo de mapas. Además, se agregan desarrollos en el componente de red social de BioModelos, entre ellos notificaciones, directorios y herramientas para el seguimiento de la actividad de grupos y expertos. Por último, esta versión cuenta con varios documentos y ayudas para entender y manejar mejor la herramienta.

    He acá una pequeña muestra de BioModelos Versión 2. Gracias por acompañarnos este tiempo y esperamos seguir contando con ustedes.

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  • Becas para la participación en modelatones

    El equipo de BioModelos en conjunto con los moderadores de los grupos de aves, aves acuáticas y herpetos realizará una modelatón en el V Congreso Colombiano de Ornitología (7 de Noviembre) y en el I Congreso Colombiano de Herpetología (19 de Noviembre). La principal actividad de cada modelatón consistirá en el desarrollo colaborativo de modelos de distribución de un conjunto preseleccionado de especies, los cuales serán publicados tanto en BioModelos como en la publicación electrónica “Atlas de la Biodiversidad de Colombia”, con la autoría de quienes participen de la actividad.

    Los interesados en participar de cualquiera de las dos modelatones deberán manifestar su interés aquí. Se otorgará un máximo de 15 medias becas por evento a estudiantes de pregrado o postgrado, especialmente a asistentes con ponencias sometidas al congreso, aplicaciones de socios ACO/ACH y usuarios registrados en BioModelos en los grupos de Aves de Colombia, Aves Acuáticas de Colombia y Herpetos de Colombia (el registro es libre).

    Los asistentes deberán llevar un computador portátil (no debe ser tableta o teléfono inteligente) para el desarrollo de la actividad. La fecha límite para la recepción de aplicaciones a la modelatón del congreso de ornitología es el 22 de agosto de 2016 y del congreso de herpetología el 5 de septiembre.

  • publica tus modelos de distribución en BioModelos

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    Cada vez existen más profesionales que desarrollan modelos de distribución como parte de distintas investigaciones en el país. Reconociendo el importante aporte de estos ejercicios de modelamiento al entendimiento sobre las distribuciones de las especies del país, BioModelos abre el espacio “Publica tu mapa”. Allí investigadores en el área de modelamiento de distribución podrán facilitar la consulta y descarga de sus modelos, así como recibir retroalimentación sobre los mismos. Entérate más sobre este nuevo espacio y sus beneficios consultando la guía de publicación de modelos y contribuye a través del formulario de publicación (requiere inicio de sesión).

  • ACTUALIDADES GRUPOS BIOMODELOS

    Peces dulceacuícolas

    Moderado por Carlos DoNascimiento quien actualmente se desempeña como curador de la colección de peces de agua dulce del Instituto Humboldt.

    Orquídeas de Colombia

    Iniciativa de los estudiantes Samuel Monsalve Correa (Universidad de Antioquia) y Jairo Santiago García Revelo (Universidad del Valle) quienes se encargarán de consolidar el grupo de moderadores, convocar especialistas por grupo taxonómico y realizar una selección de géneros y especies a trabajar.

    Mariposas de Colombia

    Grupo moderado por la entomóloga Blanca Huertas, curadora principal de la Colección de Mariposas del Museo Británico de Historia Natural en Londres y miembro de los comités directivos del grupo especialista en mariposas de la IUCN, Butterfly International Network y el North American Butterflies Association.

    Si quieres proponer un nuevo grupo o colaborar como moderador, puedes leer la guía para moderadores de grupo en BioModelos y escribirnos a biomodelos@humboldt.org.co.

  • NOVEDADES

    BioModelos participará el último día del II Taller de calidad de datos del SiB Colombia con una charla sobre cómo se usan los registros biológicos en el desarrollo de modelos de distribución de especies.

    Atendiendo la invitación del grupo de trabajo de GEO-BON sobre distribuciones de especies, Jorge Velásquez presentó BioModelos en el GEO-BON Open Science Conference & All Hands Meeting, destacando su carácter de construcción colaborativa de conocimiento como un mecanismo para llenar el vacío de Wallace en países altamente diversos pero con información biológica escasa y sesgada. El resumen de la conferencia y la presentación se encuentran en este enlace.

    En el mes de octubre se realizará un taller BioModelos de especies endémicas y amenazadas de bosque seco, junto con el programa de ciencias de la biodiversidad del Instituto Humboldt.

  • Editorial

    Publicado por Jorge Velásquez · May 2016

    El 2016 empezó para el equipo BioModelos con un replanteamiento de la estrategia a partir de la cual buscamos convertirnos en el referente para la consulta de distribución de las especies en Colombia. Además de cerrar los ciclos de procesos de modelamiento con conjuntos de datos curados (aves acuáticas, magnolias y zamias), este año buscamos acelerar el desarrollo de modelos validados de distribución. Para lograrlo, estamos trabajando con los moderadores de grupos para elaborar el listado de especies que cada grupo está interesado en modelar así como en la identificación de los expertos que acompañarían dicho proceso. Adicionalmente, reconociendo los esfuerzos previos de mapeo y modelamiento de nuestra biodiversidad, iniciaremos una campaña para la publicación de modelos a través de BioModelos. Estimamos que mediante esta estrategia podríamos publicar durante este año modelos validados por expertos para más de 1000 especies.

    La implementación de esta estrategia viene acompañada de una completa renovación de la imagen y funcionalidad de BioModelos. Se incorporarán nuevas herramientas para la curaduría de registros, la creación de mapas de expertos y la publicación de modelos. El proceso de desarrollo de modelos híbridos será considerablemente simplificado. Los perfiles de grupos y de expertos se modificarán para seguir mejor el avance de los grupos en los procesos de modelamiento, así como para visibilizar y visualizar mejor los aportes de cada experto, respectivamente. Todo esto vendrá acompañado de una nueva lógica de navegación y una amplia documentación que permitirá que el uso de la página sea más intuitivo. Los invito a estar pendientes del lanzamiento de la versión 2.0 de BioModelos en el segundo semestre del año.

  • TALLER MODERADORES Y MODELADORES DE BIOMODELOS

    Publicado por Jorge Velásquez · May 2016
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    El 10 de marzo de 2016 se realizó el taller “Moderadores y modeladores de BioModelos” en la ciudad de Medellín, convocado por el Laboratorio de Biogeografía Aplicada del Instituto Humboldt. El taller contó con la participación de siete moderadores de los grupos conformados en BioModelos y seis modeladores, quienes aportaron valiosas ideas en la construcción de la agenda de modelamiento 2016. Los principales temas que se trataron en el taller fueron la definición de un flujo de trabajo para la curaduría de datos y los procesos de validación y publicación de modelos consenso o modelos realizados por modeladores externos. Con estos nuevos insumos, el equipo de BioModelos se concentrará en consolidar y ejecutar las agendas de trabajo para 2016, lo que permitirá publicar los modelos de distribución consenso de las especies priorizadas por cada uno de los grupos. Consulta aquí la memoria de la reunión.

  • ACTUALIDADES GRUPOS BIOMODELOS

    Publicado por Jorge Velásquez · May 2016
    Herpetos de Colombia

    Este grupo será moderado por Juan M. Daza (Universidad de Antioquia) y Nicolás Urbina (Universidad Javeriana). Para el 2016, el grupo se enfocará en el desarrollo y validación de modelos de anfibios de páramo los cuales servirán como insumo para la evaluación de su riesgo de extinción.

    Aves de Colombia

    La agenda de modelamiento del grupo aves de Colombia incluye 57 especies, entre las cuales están todos los búhos de Colombia.

    Primates de Colombia

    El grupo Primates de Colombia actualmente trabaja en la compilación y curación de registros biológicos (ver +) de todos los primates colombianos para el desarrollo de modelos de distribución a partir del segundo semestre del 2016.

  • NOVEDADES

    Publicado por Jorge Velásquez · May 2016

    Nuestro equipo de trabajo está desarrollando un procedimiento para la publicación de modelos de distribución en BioModelos. Manifiesta tu interés en publicar tus modelos aquí.

    En el mes de Abril fue creado el grupo BioModelos Odonatos de Colombia bajo la administración de Juan Camilo Lara. Este es el primer grupo sobre invertebrados en BioModelos. ¡Bienvenidos odonatólogos!

    Oswaldo Cortés (Bogotá Birding), quien registra un total de 36 aportes durante marzo en BioModelos, es el ganador del kit BioModelos de ese mes. Felicitaciones Oswaldo y gracias por tus aportes.

  • Nuevos modelos publicados

    Publicado por Jorge Velásquez · Dic 2015
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    Contamos con una nueva generación de modelos para 444 especies que han registrado actividad en BioModelos y para saber cuál hipótesis representa mejor su distribución necesitamos tu colaboración. Es muy sencillo (y toma menos de 1 minuto):

    Consulta el listado de especies y utiliza las estrellas para calificar la hipótesis que mejor representa su distribución. Se considerará como el mejor modelo disponible aquel que tenga la mayor calificación, siempre y cuando ésta sea superior a 3. Los 10 expertos con mayor actividad registrada en BioModelos recibirán un kit BioModelos (mug, libro, caja de notas y afiche) por correo físico.

  • Incorporación de aportes de expertos A MODELOS DE DISTRIBUCIÓN

    Publicado por Jorge Velásquez · Dic 2015

    Desde la realización de las primeras pruebas de BioModelos con expertos, hemos recibido 432 reportes de errores de identificación y/o georeferenciación (105 spp.), 347 nuevos registros (144 spp.), 2967 calificaciones de modelos (363 spp.), 1003 ediciones a modelos (274 spp.) y 2953 registros sobre preferencias de hábitat (238 spp.). En la nueva generación de modelos publicada en BioModelos, estos aportes han sido incorporados para las 444 especies que han registrado algún tipo de actividad:

    (1) corriendo de nuevo los modelos usando tres métodos de modelamiento con las modificaciones sugeridas por expertos y usando también una descarga de bases de datos en línea reciente; (2) generando modelos híbridos para las especies que han tenido actividad de calificaciones y ediciones (visible en la pestaña “validación”) y (3) desarrollando modelos nivel 2 para aquellas especies que han registrado aportes sobre sus preferencias de hábitat en BioModelos (complementados con información secundaria).

  • Novedades BioModelos

    Publicado por Jorge Velásquez · Dic 2015
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    La nueva actualización de BioModelos incluye:

    Búsqueda

    La experiencia de usuario ha cambiado para disminuir la cantidad de pasos a seguir en el proceso de búsqueda de una especie. Ahora en la caja de búsqueda podrá consultar directamente todas las especies con modelos, o aplicar un filtro para buscar dentro de una categoría taxonómica específica.

    Calificación

    Ahora sólo es posible calificar un modelo por pestaña (Validación, Bioclim, BRT o Maxent). Esto simplifica el proceso de análisis de las calificaciones sometidas por expertos. Sin embargo, la calificación puede ser modificada o se puede elegir otro modelo de la misma pestaña una vez se haya eliminado la calificación anterior.

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    Navegación

    Los nuevos modelos de distribución cuentan con cuatro pestañas:

    Validación
    Se muestran los modelos nivel 1 (clima) y 2 (clima y coberturas vegetales) desarrollados por el laboratorio de biogeografía aplicada usando validación estadística (modelo inductivo), la versión BioModelos con los aportes realizados por expertos (modelo híbrido) y el mapa de expertos existente para cada especie (modelo deductivo).

    Bioclim, BRT y Maxent
    Se muestran 4 umbrales para cada método. Mediante la calificación de los mismos por expertos se desarrolla el modelo híbrido.

    Descarga
    Dados los problemas presentados con la manipulación de archivos KMZ en software SIG, hemos dispuesto la descarga de la nueva generación de modelos.

  • Interactúa con la red BioModelos utilizando las nuevas funciones de grupos

    Publicado por Jorge Velásquez · OCT 2015

    Los usuarios de BioModelos ahora podrán interactuar entre si y recibir notificaciones de la actividad registrada en la plataforma sobre sus especies de interés, uniéndose a alguno de los grupos temáticos existentes en BioModelos o sugiriendo la creación de uno nuevo.

    Cada grupo consta de moderadores y miembros. Los moderadores son expertos que se postulan de manera voluntaria o son elegidos por la comunidad y su función es revisar y aprobar el ingreso de nuevos miembros así como vincular especies al grupo. Asimismo pueden enviar comunicados a todos los usuarios, actualizar el perfil del grupo y servir de puente para transmitir solicitudes de los usuarios al equipo coordinador de BioModelos. Los miembros reciben notificaciones de la actividad sobre las especies del grupo, sugieren especies y pueden invitar a otros expertos a unirse al grupo.

    Consulta el directorio de grupos para unirte o sugerir un nuevo grupo. Además, actualizando tu perfil podrás escoger la frecuencia con que recibirás notificaciones de BioModelos y adicionar una imagen a tu perfil.

  • Campaña especie del mes

    Publicado por Jorge Velásquez · OCT 2015
    Frailejon

    La campaña especie del mes busca acercar a expertos en distintos grupos taxonómicos a BioModelos mediante la generación de un modelo consenso de distribución. Una de las campañas más exitosas se realizó durante los meses de abril y mayo con la Reinita del Canadá, en asocio con Calidris, líderes de la Iniciativa Internacional de Conservación de la Reinita de Canadá en Colombia. Mediante esta campaña obtuvimos un total de 267 aportes de 23 expertos que permitieron la generación de un modelo consenso para la temporada de paso y de invierno de la reinita. Además se identificaron 48 registros con georeferencias dudosas e ingresaron 17 nuevos registros a la base de datos que a futuro permitirán el desarrollo de mejores modelos para esta especie.

    En enero iniciaremos la campaña Especie del mes: Frailejón (Espeletia hartwegiana). Entérate cómo participar siguiendo al Instituto Humboldt a través de redes sociales o suscribiéndote al boletín BioModelos. ¿Quieres proponer una especie? ¡Escríbenos a biomodelos@humboldt.org.co!

  • Taller BioModelos:
    Zamias y Magnolias

    Publicado por Jorge Velásquez · OCT 2015
    Zamiasym

    El pasado 9 y 10 de septiembre, el Laboratorio de Biogeografía Aplicada y el Programa de Ciencias de la Biodiversidad del Instituto Humboldt ofrecieron el taller de BioModelos para expertos en Zamias y Magnolias. En este taller participaron botánicos pertenecientes a varias universidades, jardines botánicos CARs y ONGs del país quienes validaron la información base y los modelos de distribución generados para 54 especies pertenecientes a estos grupos. Como resultado de la activa participación de los expertos invitados, se generaron mapas de experto para 13 especies de Magnolias, se incorporaron 70 nuevos registros en la base de datos y se generó un mapa híbrido (modelo estadístico mejorado con opinión de expertos) para Magnolia hernandezii. Adicionalmente, durante el taller realizamos la primera prueba en campo de la nueva funcionalidad de grupos de BioModelos, con la constitución de los grupos Zamias de Colombia y Magnolias de Colombia.

    Visita BioModelos y conoce los nuevos modelos de Magnolias y Zamias de Colombia.

    Próximos eventos

    Taller Invasoras – Enero 2016.

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FAQ

preguntas
frecuentes

  • Encontré un registro dudoso o errado (sólo usuarios registrados)

    A pesar que los registros utilizados en BioModelos pasan por un proceso de curaduría que elimina registros con inconsistencias geográficas y cuyos nombres científicos no son aceptados de acuerdo a Catalogue of Life, varios errores no son capturados por esos filtros y en muchos casos la identificación puede estar desactualizada o ser errada. Puedes contribuir a mejorar la base de datos usada en el modelamiento identificando en BioModelos los registros con errores de georeferenciación o de identificación pulsando el botón “reportar error” el cual permite reportar los siguientes errores:

    - Identificación incorrecta: señala este tipo de error cuando:

    · La identificación probablemente sea equivocada dada la ubicación geográfica del sitio del registro (asegúrate que no sea un error de georeferenciación). Ten en cuenta la información que acompaña el registro en términos de colector y evidencia.

    · La identificación esta desactualizada de acuerdo a revisiones taxonómicas recientes. En caso que puedas aportar una sugerencia sobre la identificación actual de la especie, regístrala en la casilla de comentarios)

    - Georeferenciación: señala este tipo de error cuando las coordenadas en las que se ubica el registro no correspondan con la localidad que aparece en la ficha del registro. Si conoces las coordenadas de la localidad o tienes información que nos ayude a georeferenciarla, regístrala en la casilla de comentarios.

  • ¿Cómo puedo mejorar un modelo? (sólo usuarios registrados)

    BioModelos permite reportar errores en los registros que son utilizados para desarrollar modelos de distribución (ver Encontré un registro dudoso o errado) así como editar los modelos disponibles en la página para eliminar áreas de sobrepredicción o añadir áreas omitidas por el modelo. Para esto, escoja el modelo que mejor represente geográficamente las condiciones climáticas apropiadas para la especie según su conocimiento, de click al botón editar ubicado en la parte superior izquierda del visor Editarbtn y pulse la herramienta polígono Poligonobtn Mediante esta herramienta podrá realizar tres acciones:

    Recortar por polígono (preferida): esta acción permite recortar un modelo por un polígono de tal forma que todo lo que cae por fuera de este es eliminado y se mantiene como esta todo lo que está adentro. El polígono usado en esta acción usualmente representa el rango geográfico de la especie o su M (sensu Soberón & Nakamura 2009). Esta es la acción de edición preferida ya que delimita el área “invadible” por la especie.

    Agregar al modelo: esta acción permite agregar un área dibujada mediante la herramienta polígono al modelo. Debe ser utilizada sólo cuando existan grandes omisiones de áreas en el mejor modelo según su conocimiento. De lo contrario, use mejor la herramienta “Agregar registro”.

    Eliminar del modelo: esta acción permite señalar áreas que deben ser eliminadas del modelo. Estas son áreas que pueden ser climáticamente adecuadas para la especie pero a las que no llega debido a limitaciones de dispersión (i.e. están por fuera de su M, sensu Soberón & Nakamura 2009). Si se inclina por esta opción en lugar de recortar por polígono, asegúrese de señalar todas las áreas de sobrepredicción de acuerdo a su conocimiento.


    Para cada polígono que dibuje, asegúrese de señalar la acción apropiada y pulsar el botón guardar. Al finalizar su sesión de edición pulse el botón

    Terminarbtn
  • ¿De dónde provienen los datos de distribución?

    Los datos usados en los modelos que se presentan aquí provienen principalmente de bases de datos biológicos de acceso libre, como el Sistema de Información de Biodiversidad de Colombia (SIB, www.sibcolombia.net) y el Global Biodiversity Information Facility (GBIF, www.gbif.org) . Una pequeña proporción de los datos proviene de proyectos puntuales del Instituto Humboldt así como de convenios con otros institutos de investigación como el SINCHI e INVEMAR.

  • ¿Cómo se procesan los datos de distribución?

    Cada registro es validado taxonómica y geográficamente. La validación taxonómica consiste en estandarizar la nomenclatura científica usando Catalogue of Life (www.catalogueoflife.org). Los registros con nombres científicos que no están indexados por Catalogue of Life (bien sea como nombre válido o como sinónimo) son excluidos del modelamiento. La validación geográfica consiste en verificar que el país, departamento y municipio reportado para cada registro coincida con el país, departamento y municipio en el que caen las coordenadas reportadas del registro. Los registros que no superan ese filtro geográfico son excluidos del modelamiento.

  • ¿Qué variables ambientales se usan en el modelamiento?

    En la actualidad utilizamos el conjunto de 19 variables bioclimáticas provisto en WorldClim (www.worldclim.org/bioclim). Aunque existe un cierto grado de redundancia en esas variables, muchas de estas son excluidas automáticamente durante el desarrollo de los modelos.

  • ¿Cómo modelan las distribuciones de especies?

    Los modelos presentados aquí fueron desarrollados utilizando MAXENT (www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent), un método basado en el principio de máxima entropía. Aunque existen muchos métodos de modelamiento y varios autores abogan por el uso de múltiples técnicas estadísticas, preferimos concentrarnos en un solo método que ha demostrado funcionar bien y que, correctamente parametrizado, es equivalente a muchos de los otros métodos existentes (e.g. modelos lineales, modelos aditivos, etc.). Nosotros preferimos la simplicidad en el modelo, y por eso mismo, aceptamos únicamente respuestas de tipo linear, cuadrático y bisagra, que capturan adecuadamente las respuestas de las especies al ambiente.

  • ¿Cómo convierten las predicciones continuas de MAXENT a mapas de presencia-ausencia?

    Dado que ningún umbral funciona consistentemente bien en los modelos construidos con datos de sólo presencia, nuestros modelos son convertidos a una escala binaria usando el umbral de mínima presencia (modelos 1 y 2) o el umbral de 10% de omisión (modelos 3 y 4). En el primer caso, se toma como umbral índice de idoneidad mínimo asociado con un registro de presencia. En el segundo, se toma como umbral el décimo percentil de los índices de idoneidad asociados con los registros de presencia utilizados en el modelamiento.

  • ¿Cómo se incluyen las habilidades de dispersión de las especies en los modelos?

    En general las especies están limitadas a regiones específicas por qué no tienen la capacidad de dispersarse hacia regiones que poseen condiciones adecuadas para su supervivencia. Dado que los modelos presentados aquí no incluyen información sobre las capacidades de dispersión de las especies, estos a menudo predicen la distribución de las especies en áreas inaccesibles a estas (modelos 1 y 3). Nuestro método para reducir esa sobrepredicción consiste en eliminar aquellos parches de distribución (áreas continuas de condiciones adecuadas para las especies) que carecen de evidencia de ocupación (modelos 2 y 4). En otras palabras, escogemos los parches que tienen al menos un registro de presencia de las especies.